Doanh nghiệp thường cộng toàn bộ số tiền đã nộp tại cửa khẩu vào “giá vốn”, dẫn đến hai sai lệch phổ biến: đưa VAT được khấu trừ vào chi phí hàng hóa hoặc bỏ sót thuế nhập khẩu và các chi phí trực tiếp đưa hàng về kho. Hệ quả là biên lợi nhuận bị tính sai, giá bán thiếu cơ sở và dòng tiền nhập khẩu không được chuẩn bị đúng. Bài viết này tách rõ ba lớp dữ liệu: số thuế phải nộp trên tờ khai, giá trị ghi nhận vào hàng tồn kho và dòng tiền thực tế phải chi.

Biên soạn nghiệp vụ B2B · Cập nhật pháp lý: 17/07/2026 · Nội dung không thay thế tư vấn thuế – kế toán cho hồ sơ cụ thể.

TÓM TẮT NHANH

Thuế nhập khẩu

Phần thuế nhập khẩu không được miễn, hoàn hoặc không thu thường được tính vào giá gốc hàng nhập hoặc tài sản liên quan.

VAT nhập khẩu

Đối với hàng thuộc diện chịu VAT, số VAT phải nộp cần nằm trong kế hoạch dòng tiền; chỉ phần không được khấu trừ mới làm tăng giá gốc hoặc chi phí liên quan.

Giá tính VAT

Trong trường hợp thông thường, giá tính VAT gồm trị giá tính thuế nhập khẩu, thuế nhập khẩu, thuế nhập khẩu bổ sung và các sắc thuế liên quan nếu có.

Hai tỷ giá có thể khác nhau

Tỷ giá hải quan phục vụ tính thuế không mặc nhiên là tỷ giá kế toán dùng ghi nhận công nợ và hàng tồn kho.

PHẠM VI ÁP DỤNG

Bài viết áp dụng chủ yếu cho doanh nghiệp Việt Nam nhập khẩu hàng hóa để kinh doanh, sản xuất hoặc làm tài sản, kê khai VAT theo phương pháp khấu trừ hoặc phương pháp khác. Công thức minh họa tập trung vào hàng thuộc diện chịu VAT và thuế nhập khẩu tính theo tỷ lệ phần trăm. Hàng không chịu VAT, hàng chịu thuế tuyệt đối hoặc hỗn hợp, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường, thuế nhập khẩu bổ sung/phòng vệ thương mại, hàng miễn thuế hoặc loại hình đặc thù cần lập bảng tính riêng.

Không thể chốt thuế chỉ từ tên thương mại. Muốn xác định đúng phải có mã HS, mô tả kỹ thuật, xuất xứ, chứng từ C/O nếu xin ưu đãi, trị giá hải quan và ngày đăng ký tờ khai.

GIẢI NGHĨA THUẬT NGỮ

Thuật ngữ	Giải nghĩa	Vai trò đối với giá vốn
Customs Value	Trị giá hải quan dùng làm căn cứ tính thuế; thường bắt đầu từ giá giao dịch và điều chỉnh theo quy định.	Là nền tính thuế, nhưng không nhất thiết bằng nguyên giá kế toán.
Import Duty	Thuế nhập khẩu theo MFN, ưu đãi đặc biệt FTA, thông thường hoặc phương pháp tuyệt đối/hỗn hợp.	Phần không được hoàn lại thường vào giá gốc hàng nhập.
Import VAT	VAT phát sinh tại khâu nhập khẩu đối với hàng thuộc diện chịu VAT.	Nếu phát sinh, đây là khoản phải chi; được tách thành VAT đầu vào khi đủ điều kiện khấu trừ, nếu không thì tính vào giá trị hàng/tài sản hoặc chi phí phù hợp.
Landed Cost	Tổng chi phí để hàng ở trạng thái và địa điểm sẵn sàng bán hoặc sử dụng.	Dùng để ra giá bán và phân tích lợi nhuận; không đồng nhất hoàn toàn với số thuế trên tờ khai.
COGS / Giá vốn hàng bán	Giá trị hàng tồn kho được ghi nhận vào chi phí khi hàng đã bán.	Thuế và chi phí nhập khẩu trước hết thường nằm trong hàng tồn kho, sau đó mới kết chuyển vào giá vốn theo lượng bán.

BẢN CHẤT – CƠ CHẾ VẬN HÀNH

Cần tách ba “sổ” quản trị khác nhau:

Sổ thuế

Xác định trị giá hải quan, thuế suất và số tiền phải nộp để thông quan.

Sổ kế toán

Xác định giá gốc hàng tồn kho/tài sản, VAT đầu vào được khấu trừ và chênh lệch tỷ giá.

Sổ quản trị

Phân bổ chi phí theo SKU, đơn hàng, kênh bán và tính Landed Cost phục vụ định giá.

Trị giá hải quan không tự động bằng giá mua ghi sổ. Hải quan sử dụng quy tắc trị giá và tỷ giá tính thuế tại thời điểm đăng ký tờ khai; kế toán ghi nhận giao dịch ngoại tệ theo chính sách tỷ giá kế toán áp dụng. Vì vậy chênh lệch giữa tờ khai và sổ sách có thể hợp lý nếu có hồ sơ giải trình.

CÔNG THỨC TÍNH THUẾ VÀ GIÁ VỐN

Thuế nhập khẩu theo tỷ lệ: Trị giá tính thuế nhập khẩu × Thuế suất nhập khẩu

Giá tính VAT hàng nhập khẩu – trường hợp thông thường: Trị giá tính thuế nhập khẩu + Thuế nhập khẩu + Thuế nhập khẩu bổ sung (nếu có) + Thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có) + Thuế bảo vệ môi trường (nếu có)

VAT nhập khẩu: Giá tính VAT × Thuế suất VAT áp dụng tại ngày đăng ký tờ khai

Giá gốc hàng nhập khi VAT được khấu trừ: Giá mua kế toán + Thuế nhập khẩu và thuế không hoàn lại + Chi phí trực tiếp đưa hàng về trạng thái, địa điểm sẵn sàng bán

Giá gốc khi VAT không được khấu trừ: Giá gốc nêu trên + Phần VAT nhập khẩu không được khấu trừ

Thuế suất nhập khẩu có thể là MFN, ưu đãi đặc biệt theo FTA hoặc mức khác tùy xuất xứ và điều kiện chứng từ. Thuế suất VAT cũng phải xác định theo nhóm hàng và chính sách có hiệu lực tại ngày mở tờ khai; không lấy mức của một lô hàng cũ để áp cho lô mới.

PHÂN TÍCH CẤU PHẦN GIÁ VỐN

Giả định một lô hàng có trị giá tính thuế nhập khẩu 1.000.000.000 đồng, thuế suất nhập khẩu 5%, VAT 10%, không chịu thuế tiêu thụ đặc biệt và thuế bảo vệ môi trường. Chi phí vận tải, local charge, khai báo và giao hàng trực tiếp đưa hàng về kho là 80.000.000 đồng. Số liệu chỉ dùng minh họa cơ chế.

Khoản mục	Cách tính	Số tiền	Xử lý quản trị
Thuế nhập khẩu	1.000.000.000 × 5%	50.000.000	Thường vào giá gốc hàng nhập.
Giá tính VAT	1.000.000.000 + 50.000.000	1.050.000.000	Nền tính VAT trong ví dụ.
VAT nhập khẩu	1.050.000.000 × 10%	105.000.000	Phải chuẩn bị dòng tiền nộp thuế.
Giá gốc nếu VAT được khấu trừ	1.000.000.000 + 50.000.000 + 80.000.000	1.130.000.000	VAT 105 triệu theo dõi là VAT đầu vào, không cộng vào giá hàng.
Giá gốc nếu VAT không được khấu trừ	1.130.000.000 + 105.000.000	1.235.000.000	Phần VAT không được khấu trừ làm tăng giá gốc/chi phí phù hợp.
Dòng tiền thuế tại khâu nhập	50.000.000 + 105.000.000	155.000.000	Không đồng nhất với chi phí kế toán trong kỳ.

Điểm kiểm soát: Ví dụ dùng cùng một tỷ giá để đơn giản hóa. Trong hồ sơ thật, giá mua kế toán và trị giá hải quan có thể khác nhau do tỷ giá, điều kiện Incoterms và các khoản điều chỉnh cộng/trừ.

THUẾ NÀO VÀO GIÁ VỐN, THUẾ NÀO KHÔNG?

Khoản thuế	Có vào giá gốc?	Điều kiện cần kiểm tra	Ảnh hưởng dòng tiền
Thuế nhập khẩu	Phần không được hoàn lại thường có	Có được miễn, hoàn, không thu hoặc xử lý theo loại hình đặc thù hay không.	Thời điểm nộp, bảo lãnh hoặc ân hạn phụ thuộc chế độ và điều kiện của người nộp thuế.
VAT nhập khẩu được khấu trừ toàn bộ	Thông thường không	Hàng thuộc diện chịu VAT; phương pháp tính VAT, chứng từ nộp thuế, mục đích sử dụng và điều kiện khấu trừ.	Nếu phát sinh, vẫn là tiền phải nộp tại khâu nhập khẩu trước khi được khấu trừ.
VAT nhập khẩu không được khấu trừ	Có, hoặc ghi nhận vào chi phí/tài sản liên quan	Hàng dùng cho hoạt động không chịu VAT, thiếu điều kiện chứng từ hoặc trường hợp pháp luật hạn chế khấu trừ.	Làm tăng chi phí kinh tế thực tế.
VAT chỉ được khấu trừ một phần	Chỉ phần không được khấu trừ	Tỷ lệ phân bổ và hồ sơ theo dõi doanh thu/hoạt động.	Toàn bộ VAT vẫn có thể phải nộp trước; phần khấu trừ được theo dõi riêng.
Thuế TTĐB, thuế BVMT, thuế nhập khẩu bổ sung và sắc thuế khác	Chỉ phần không được hoàn, khấu trừ hoặc bù trừ	Phải rà riêng cơ chế hoàn, khấu trừ hoặc bù trừ của từng sắc thuế; không mặc định toàn bộ số đã nộp đều vào giá vốn.	Các khoản thuộc công thức tại Điều 7 Luật VAT có thể đồng thời làm tăng giá tính VAT nhập khẩu.

HỒ SƠ – DỮ LIỆU CẦN KIỂM TRA

Dữ liệu / chứng từ	Đơn vị chuẩn bị/phát hành	Dùng ở bước nào	Điểm phải khớp
Hợp đồng, Invoice, Packing List	Người mua – người bán	Xác định giá mua, điều kiện giao hàng và mô tả hàng	Đồng tiền, Incoterms, số lượng, đơn giá, khoản người mua trả thay.
Hồ sơ kỹ thuật và mã HS dự kiến	Doanh nghiệp nhập khẩu/nhà sản xuất	Chọn thuế suất và chính sách mặt hàng	Cấu tạo, công dụng, vật liệu, model, thông số.
C/O và chứng từ xuất xứ	Cơ quan/tổ chức có thẩm quyền hoặc nhà xuất khẩu theo cơ chế FTA	Xin thuế ưu đãi đặc biệt	Mẫu C/O, tiêu chí xuất xứ, vận tải, hóa đơn bên thứ ba, thời hạn.
Tờ khai hải quan và chứng từ nộp thuế	Doanh nghiệp/cơ quan Hải quan/ngân hàng	Ghi nhận nghĩa vụ thuế và VAT đầu vào	Mã HS, trị giá, thuế suất, số tiền, ngày nộp và mã tham chiếu.
Debit note, hóa đơn logistics, chứng từ cảng/kho	Forwarder, hãng vận chuyển, cảng, kho, nhà xe	Tập hợp chi phí trực tiếp vào lô hàng	Phạm vi dịch vụ, lô hàng, container/BL, VAT trên dịch vụ trong nước.
Bảng phân bổ Landed Cost	Kế toán/Finance/Supply Chain	Phân bổ về SKU và kết chuyển giá vốn	Tiêu thức phân bổ nhất quán, giải trình được và không cộng trùng VAT.

QUY TRÌNH TÍNH VÀ PHÂN BỔ GIÁ VỐN

Khóa mô tả hàng và HS dự kiến: tách từng nhóm có thuế suất khác nhau; không gộp mọi SKU vào một tỷ lệ thuế bình quân.
Xác định kịch bản thuế: MFN, FTA có C/O hợp lệ, không có C/O, hoặc mức thuế tuyệt đối/hỗn hợp.
Lập bảng trị giá: phân biệt giá mua kế toán, trị giá hải quan và khoản điều chỉnh theo Incoterms.
Tính thuế theo từng dòng tờ khai: thuế nhập khẩu trước, sau đó xác định giá tính VAT và VAT.
Xác định trạng thái VAT: không phát sinh do hàng không chịu VAT, hoặc phát sinh và được khấu trừ toàn bộ, một phần hay không được khấu trừ.
Tập hợp chi phí trực tiếp: cước quốc tế do người mua chịu, bảo hiểm, local charge, khai báo, kiểm tra chuyên ngành, vận chuyển về kho và chi phí xử lý cần thiết. Tách riêng chi phí bất thường, phạt, DEM/DET hoặc lưu kho do chậm trễ để đánh giá theo chính sách kế toán thay vì tự động vốn hóa.
Phân bổ về SKU: thuế theo dòng HS; cước và phí theo trọng lượng, CBM, trị giá, số kiện hoặc tiêu thức hỗn hợp phản ánh nguyên nhân phát sinh.
Đối chiếu ba tổng: tổng tờ khai thuế, tổng công nợ/logistics và tổng giá trị nhập kho. Chênh lệch phải có biên bản hoặc bảng giải trình.

RỦI RO – LỖI THƯỜNG GẶP

Lỗi	Nguyên nhân	Tác động	Biện pháp kiểm soát
Cộng toàn bộ VAT vào giá vốn	Nhầm dòng tiền nộp thuế với chi phí kinh tế	Giá vốn và giá bán bị đội lên; VAT đầu vào ghi nhận sai	Tạo cột riêng “VAT được khấu trừ/không được khấu trừ”.
Loại VAT khỏi ngân sách tiền mặt	Cho rằng được khấu trừ nên không cần vốn	Thiếu tiền nộp thuế và chậm thông quan	Lập báo cáo cash-out riêng với Landed Cost.
Dùng trị giá hải quan làm nguyên giá kế toán tuyệt đối	Không tách tỷ giá và khoản điều chỉnh	Lệch công nợ nhà cung cấp, tồn kho và chênh lệch tỷ giá	Lưu bảng bridge giữa invoice – customs value – book value.
Phân bổ thuế bình quân cho mọi SKU	Không theo dòng HS và thuế suất	Sai biên lợi nhuận từng mã hàng	Gắn thuế nhập khẩu trực tiếp theo dòng tờ khai trước khi phân bổ phí chung.
Dự toán theo C/O “sẽ có”	Chưa rà tiêu chí xuất xứ và tính hợp lệ	Thiếu ngân sách nếu C/O bị bác hoặc nộp muộn	Lập hai kịch bản có và không có ưu đãi FTA.
Cộng trùng cước quốc tế	Invoice đã theo CIF/CIP nhưng bảng cost lại cộng toàn bộ freight	Giá vốn cao hơn thực tế	Rà Incoterms và thành phần trị giá trước khi nhập chi phí.
Vốn hóa mọi local charge, DEM/DET và chi phí bất thường	Không tách chi phí trực tiếp bình thường khỏi chi phí do chậm trễ, vi phạm hoặc vận hành kém hiệu quả	Giá trị tồn kho bị thổi phồng và khó giải trình	Chỉ vốn hóa khoản trực tiếp đưa hàng về địa điểm, trạng thái cần thiết; đánh giá riêng chi phí bất thường theo chính sách kế toán.

CĂN CỨ PHÁP LÝ – NGUỒN TRA CỨU

Chuỗi văn bản dưới đây được rà theo trạng thái công bố đến ngày 17/07/2026. Khi áp dụng cần kiểm tra thêm văn bản sửa đổi, biểu thuế FTA, chính sách giảm VAT theo thời kỳ và quy định chuyên ngành tại ngày đăng ký tờ khai.

Văn bản / nguồn	Cơ quan – hiệu lực	Vai trò trong bài
Luật 107/2016/QH13 về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, được sửa đổi liên quan bởi Luật 90/2025/QH15	Quốc hội; rà theo chuỗi văn bản hiện hành	Nguyên tắc tính, căn cứ tính và các phương pháp thuế nhập khẩu.
Nghị định 26/2023/NĐ-CP và các sửa đổi 144/2024, 108/2025, 199/2025	Chính phủ; rà theo phiên bản còn hiệu lực tại ngày đăng ký tờ khai	Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi MFN và các mức thuế liên quan.
Luật VAT 48/2024/QH15, được sửa đổi bởi Luật 90/2025/QH15, Luật 149/2025/QH15 và Luật 09/2026/QH16	Quốc hội; chuỗi văn bản hiện hành đến 17/07/2026	Giá tính VAT hàng nhập khẩu, thuế suất và nguyên tắc khấu trừ.
Nghị định 181/2025/NĐ-CP, sửa đổi bởi 359/2025/NĐ-CP và 144/2026/NĐ-CP	Chính phủ; Nghị định 144/2026 có hiệu lực 20/06/2026	Hướng dẫn chi tiết thi hành Luật VAT.
Thông tư 69/2025/TT-BTC	Bộ Tài chính; hiệu lực 01/07/2025	Hướng dẫn nghiệp vụ VAT và hồ sơ áp dụng.
Bộ Tài chính xác nhận thời điểm áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC	Bộ Tài chính; áp dụng cho năm tài chính bắt đầu từ hoặc sau 01/01/2026	Khung chế độ kế toán doanh nghiệp để ghi nhận hàng tồn kho, thuế và giá vốn.
Thông tin Hải quan về Thông tư 60/2019/TT-BTC	Cơ quan Hải quan; sửa đổi quy định trị giá hải quan	Nhắc lại rằng trị giá hải quan phải xác định theo hồ sơ và khoản điều chỉnh, không chỉ lấy số tiền trên invoice.

FAQ – HỎI ĐÁP THƯỜNG GẶP

1. VAT nhập khẩu được khấu trừ có phải là “không tốn tiền” không?

Đối với hàng thuộc diện chịu VAT, không. Doanh nghiệp vẫn phải chuẩn bị và nộp tiền tại khâu nhập khẩu; việc khấu trừ chỉ ảnh hưởng cách ghi nhận và bù trừ nghĩa vụ VAT sau đó.

2. Thuế nhập khẩu được tính vào chi phí ngay khi nộp không?

Đối với hàng hóa kinh doanh, thuế thường được vốn hóa vào hàng tồn kho; chỉ trở thành giá vốn hàng bán tương ứng khi hàng được bán hoặc được xử lý theo chế độ kế toán.

3. VAT của phí logistics trong nước có vào giá vốn không?

Nếu VAT đầu vào của dịch vụ logistics đủ điều kiện khấu trừ thì tách riêng; phần giá dịch vụ chưa VAT là chi phí trực tiếp. Nếu không được khấu trừ, phần VAT liên quan có thể làm tăng giá gốc/chi phí.

4. Có C/O thì chắc chắn thuế nhập khẩu bằng 0% không?

Không. Phải đúng hiệp định, tiêu chí xuất xứ, mã HS, vận tải và chứng từ. Nhiều dòng hàng vẫn có mức ưu đãi đặc biệt lớn hơn 0%.

5. Giá mua theo FOB có phải cộng cước và bảo hiểm vào trị giá hải quan không?

Thông thường cần xem xét các khoản để đưa hàng đến cửa khẩu nhập đầu tiên theo quy định trị giá. Mức cộng cụ thể phụ thuộc chứng từ và điều kiện giao dịch.

6. Có nên phân bổ mọi chi phí theo trị giá hàng?

Không nhất thiết. Thuế theo dòng HS; cước biển có thể theo CBM/trọng lượng; phí chứng từ có thể theo lô; phí giao hàng có thể theo chuyến hoặc trọng lượng.

7. Khi nào phải tính lại giá vốn sau thông quan?

Khi có ấn định hoặc hoàn thuế, debit note bổ sung, điều chỉnh trị giá, chênh lệch số lượng, phí phát sinh hoặc thay đổi tỷ lệ VAT được khấu trừ.

GHI CHÚ ÁP DỤNG: Giá vốn quản trị, giá gốc hàng tồn kho và chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp có thể không hoàn toàn trùng nhau. Doanh nghiệp cần thống nhất chính sách kế toán, tiêu thức phân bổ và hồ sơ thuế; các ví dụ trong bài không thay thế kết luận cho một mã HS hoặc một tờ khai cụ thể.

ĐIỆN – ĐIỆN TỬ – THIẾT BỊ IT

F&B – THỰC PHẨM & ĐỒ UỐNG

MÁY MÓC

ĐỒ GIA DỤNG

MỸ PHẨM – CHĂM SÓC CÁ NHÂN